Nie pomogły specjalne pełnomocnictwa, przekazane Pompejuszowi. Musiał on opuścić Rzym razem z urzędnikami i senatorami. Po tym wydarzeniu od Cezara odsunął się jeden z najbliższych oficerów – Labienus. Cezar przebaczył mu jednak ten postępek. Wojska Cezara, idąc na Rzym nie spotkały się prawie z żadnym oporem. Wręcz przeciwnie, oddziały Pompejusza albo rozpierzchały się w popłochu, albo stawały do walki u boku Cezara.
Do najważniejszych zwycięstw należało zajęcie Korfinium i Dyrrachium, z którego Pompejusz razem z senatem uciekł za Adriatyk. Cezar w wyniku tych walk stał się panem całej Italii. Jednak to zwycięstwo nie zadowalało jego ega i wraz z legionami ruszył do Hiszpanii, gdzie stacjonowały legiony Pompejusza. W efekcie końcowym dowódcy tych oddziałów – Afraniusz i Paterejusz zawarli pokój z Cezarem. W ten bezkrwawy sposób zakończono wojnę z Hiszpanią.
W początkach grudnia 49 roku p. n. e. Cezar wrócił do Rzymu i spędził w nim 11 dni. Tyle, bowiem wystarczyło, aby otrzymać ponowny wybór na konsula. Zaraz potem wyruszył na wschód gdzie stoczył szereg walk na terenie Grecji na początek z Pompejuszem, który po przegranej pod Farsalos z początkiem 48 roku p. n. e. uciekł do Egiptu, gdzie został zamordowany przez doradców króla Ptolomeusza, który chciał zyskać przychylność Cezara.