W tym samym czasie w Egipcie panowała wojna domowa pomiędzy królową Kleopatra, a jej bratem. Kleopatra wiedząc, że Cezar dysponuje olbrzymią armią, przeciągnęła go na swoją stronę. Nie udało się jednak osiągnąć pełnego sukcesu. Cezar i Kleopatra byli oblegani w pałacu przez ludność Aleksandrii. Uratowała ich odsiecz w 47 roku p. n. e. w niedługim czasie po opuszczeniu przez Cezara Egiptu, Kleopatra urodziła syna, którego nazwała Cezarionem (Cezarkiem).